Лабораторная работа 1 Введение в gnu/Linux Оборудование и программное обеспечение



Pdf просмотр
Дата07.01.2017
Размер38.9 Kb.
Просмотров192
Скачиваний0
ТипЛабораторная работа

Материалы для проведения лабораторных работ по дисциплине «Информационные системы в медицине»
А.И. Попов aleneus@gmail.com
Северный (Арктический) федеральный университет
Институт математики, информационных и космических технологий
Лаборатория измерительных систем и цифровой обработки сигналов
2013 – 2015

Оглавление
1
Введение в GNU/Linux
2 2
Инструменты для работы с DICOM
3 3
Интеграция информационных систем. Mirth Connect
6 4
Установка и первоначальная настройка МИС
8 1

Лабораторная работа 1
Введение в GNU/Linux
Оборудование и программное обеспечение
• Компьютер под управлением ОС MS Windows или GNU/Linux с выходом в Интернет
• Виртуальная машина, например, VirtualBox с установленной ОС XUbuntu
Полезные ссылки
1. М. Карлинг, Стефен Деглер, Джеймс Деннис Системное администрирование Linux
2. Ubuntu по-русски http://ubuntu.ru/
3. LINUX.ORG.RU
http://linux.org.ru/
4. Linux-центр http://www.linuxcenter.ru/
Задания
Тратить время на инсталляцию ОС представляется нецелесообразным. Поэтому Вам пред- лагается виртуальная машина с уже установленной системой XUbuntu и ряд заданий для отработки базовых навыков администрирования GNU/Linux.
1. Ознакомьтесь с описанием утилиты apt-get. Обновите систему.
2. Найдите все файлы в каталоге /usr/lib/, имя которых содержит gnome.
3. Добавьте в систему учетные записи user1 и user2. Создайте папки folder1, folder2
и folder3. Сделайте так, чтобы: user1 мог читать и писать в папку folder1, а к папке folder2
не имел доступа; user2 мог читать и писать в папку folder2, но не имел доступа к папке folder1; user1 и user2 и только они (!) имели бы полный доступ к папке folder3.
4. Определите 10 процессов, которые больше всех загружают процессор.
5. Установите необходимые пакеты и настройте доступ к гостевой ОС по протоколу ssh.
6. Создайте папку shared-folder и сделайте ее доступной для компьютеров под управле- нием ОС Windows, находящихся в той же сети, что и виртуальная машина.
7. Узнайте адрес используемого DNS-сервера. Поменяйте его на 8.8.8.8.
2

Лабораторная работа 2
Инструменты для работы с DICOM
Оборудование и программное обеспечение
1. Компьютер под управлением ОС семейства MS Windows или GNU/Linux и с выходом в
Интернет
2. Виртуальная машина с установленной ОС семейства GNU/Linux, например, VirtualBox с XUbuntu. На гостевой ОС необходимо наличие прав суперпользователя
3. Ginkgo CADx
4. Orthanc
Полезные ссылки
1. DICOM sample image sets http://www.osirix-viewer.com/datasets/
2. DICOMLibrary http://www.dicomlibrary.com/
3. Ginkgo CADx http://ginkgo-cadx.com/en/
4. Orthanc – DICOM server http://www.orthanc-server.com/
5. Introducing JSON
http://json.org/
Задания
1. Просмотр DICOM-файлов
Dicomlibrary
1. Зайдите на сайт DICOMLibrary.
2. Загрузите в DICOMLibrary файл example.dcm.
3. Получите изображение, такое как на рис.
2.1 3

Рис. 2.1: DICOM Library Viewer
Ginkgo CADx
1. Запустите виртуальную машину с XUbuntu.
2. Обновите список доступных пакетов (sudo apt-get update).
3. Установите пакет ginkgocadx.
4. Скачайте примеры DICOM-файлов.
5. Откройте файл example.dcm. При помощи инструмента DICOM Inspector Для этого файла выясните следующее:
• Примененный метод обследования.
• Продолжительность сбора данных.
• Производитель оборудования, использованного при обследовании.
• Дата обследования.
6. Откройте файл example.dcm. Получите изображение, такое как на рис.
2.2 4

Рис. 2.2: Изображение, полученное в Ginkgo CADx
2. DICOM-сервер
1. Установите orthanc.
2. Сгенерируйте стандартный конфигурационный файл для Orthanc, ознакомьтесь с его содержимым. Заодно ознакомьтесь с форматом JSON.
3. Укажите папку, которая будет являться хранилищем Orthanc (или согласитесь с тем,
что указано по умолчанию. Во всяком случае, узнайте, где находится хранилище).
4. Запустите Orthanc. Следите за тем, какая конфигурация на самом деле используется.
5. Изучите содержимое хранилища.
6. Убедитесь, что HTTP-сервер Orthanc работает. Используйте веб-браузер для этого.
Ознакомьтесь с веб-интерфейсом Orthanc.
7. Загрузите при помощи веб-интерфейса DICOM-файл на сервер.
8. Просмотрите сведения о загруженном файле при помощи веб-интерфейса.
9. Что изменилось в хранилище?
10. Запустите Ginkgo CADx.
11. Задайте LOCAL AET и порт для Ginkgo.
12. Внесите информацию о клиенте в конфигурацию Orthanc.
13. Перезапустите сервер.
14. При помощи Ginkgo откройте изображение, загруженное на сервер ранее.
15. * Добавьте в получившуюся систему еще одного клиента, который находится на отдель- ной виртуальной машине.
5

Лабораторная работа 3
Интеграция информационных систем.
Mirth Connect
Оборудование и программное обеспечение
• Компьютер под управлением MS Windows или GNU/Linux и с выходом в Интернет
• Две виртуальные машины с ОС XUbuntu
Полезные ссылки
• Mirth Connect https://www.mirth.com/Products-and-Services/Mirth-Connect
• Mirth Connect – Getting Started Guide http://www.mirthcorp.com/community/wiki/
display/mirth/Getting+Started+Guide
• Install Oracle Java 7 in Ubuntu via PPA Repository http://www.webupd8.org/2012/01/install-oracle-java-jdk-7-in-ubuntu-via.html
• Create a channel in Mirth http://code.google.com/p/crossriver-openhds/wiki/CreateMirthChannel
• XML to plain text http://amarnathks.wordpress.com/tag/xml-to-plain-delimited-text-using-mirth/
Задания
• Запустите две виртуальные машины с XUbuntu. Будем одну из них рассматривать в качестве сервера, а другую - в качестве клиента.
• Установите Oracle Java 7 на обе машины. См. раздел «Полезные ссылки».
• На сервере установите Mirth Connect, научитесь запускать и останавливать сервис mcservice. Просмотрите справочные материалы перед установкой.
• Запустите сервис mcservice (на сервере).
• Научитесь запускать Mirth Connect Administrator на клиентской машине. Возможно,
вам нужно будет установить средства для запуска приложений из браузера (Java Web
Start). См. IcedTea.
6

В одном из окон вам потребуется ввести имя пользователя и пароль по умолча- нию. В Mirth Connect это «admin» и «admin».
• Установите на сервере MySQL.
• На сервере, в MySQL, в базе данных test создайте таблицу mirth с полями id (int, пер- вичный ключ), a (int), b (int), processed (bool). Добавьте несколько строк в таблицу mirth: значение id должно формироваться автоматически, значения полей a и b пусть будут случайными, значение поля processed должно быть false.
• Создайте канал для преобразования данных из таблицы mirth в xml-файл. При этом для преобразования должны браться только строки, у которых значение поля processed равно false. Если же произошла обработка некоторой строки, то в ней значение поля processed должно становиться true. Это подход к исключению повторной обработки од- них и тех же строк. Добейтесь правильной работы канала.
7

Лабораторная работа 4
Установка и первоначальная настройка
МИС
Оборудование и программное обеспечение
• Компьютер под управлением MS Windows или GNU/Linux и с выходом в Интернет
• Виртуальная машина с установленной ОС Ubuntu Server 12.04
• Виртуальная машина с установленной ОС XUbuntu
Полезные ссылки
• List of open-source healthcare software http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open-source_
healthcare_software
• GNUMed. Installer Guide Home Short http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/
InstallerGuideHomeShort
• OpenEMR
http://www.open-emr.org/
Отчёт
По окончании работы необходимо сдать аккуратно оформленный отчёт (в электронном виде),
отражающий все этапы работы.
Задания
• Установите PostgreSQL на Ubuntu Server. Задайте пароль пользователя postgres.
• Установите сервер gnumed (см. полезные ссылки). Фактически, сервером gnumed яв- ляется база данных PostgreSQL, которая создается при установке. Поэтому для того,
чтобы при дальнейшей работе запустить сервер gnumed, надо запустить PostreSQL.
• Запустите скрипт gm-bootstrap_server. В результате база данных обновится до послед- ней версии и будет заполнена демонстрационными данными, которые впоследствии мож- но будет удалить.
• Настройте удаленный доступ к базе данных внутри локальной сети.
8

• Установите клиентское приложение gnumed на XUbuntu.
• Убедитесь в работоспособности системы. Добавьте в систему данные о новом пациенте.
Изображения
Рис. 4.1: OpenEMR. Добавление нового пациента
9

Рис. 4.2: gnumed. Просмотр сведений о пациенте
10

Document Outline

  • Введение в GNU/Linux
  • Инструменты для работы с DICOM
  • Интеграция информационных систем. Mirth Connect
  • Установка и первоначальная настройка МИС

Каталог: popov
popov -> Антон Валерьевич Попов Маркетинговые игры. Развлекай и властвуй «Попов Антон Маркетинговые игры. Развлекай и властвуй»
popov -> Учебное пособие саранск издательство мордовского университета 2009
popov -> Николай Дмитриевич Толстой-Милославский Жертвы Ялты Николай Толстой
popov -> 10 августа 2011 Материалы к брифингу Анатолия Попова, вице-президента по продажам Сбербанка России «Новые технологии в организации розничного обслуживания клиентов»
popov -> Управление развитием транспортной инфраструктуры городской агломерации 08. 00. 05 Экономика и управление народным хозяйством
popov -> Задача распознавания рукописного текста на китайском языке


Поделитесь с Вашими друзьями:


База данных защищена авторским правом ©nethash.ru 2019
обратиться к администрации

войти | регистрация
    Главная страница


загрузить материал