Ф илогенетические связи и систематика хвостатых амфибий семейства углозубов



Скачать 406.35 Kb.

страница1/4
Дата09.12.2016
Размер406.35 Kb.
Просмотров209
Скачиваний0
  1   2   3   4



На правах рукописи









Поярков Николай Андреевич


Ф
ИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЕ СВЯЗИ И СИСТЕМАТИКА

ХВОСТАТЫХ АМФИБИЙ СЕМЕЙСТВА УГЛОЗУБОВ

(A
MPHIBIA
:

C
AUDATA
,

H
YNOBIIDAE
)


Специальность 03.02.04 – зоология
АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание учёной степени кандидата биологических наук
М
ОСКВА

2010

Работа выполнена на кафедре зоологии позвоночных Биологического факультета
Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова
Научный руководитель:
доктор биологических наук, профессор
Васильев Борис Дмитриевич


Официальные оппоненты:


доктор биологических наук
Алёшин Владимир Вениаминович
Научно-исследовательский институт
физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ









доктор биологических наук
Смирнов Сергей Васильевич
Институт проблем экологии и эволюции имени А.Н. Северцова РАН

Ведущая организация:


Зоологический институт РАН
Защита диссертации состоится « 6 » декабря 2010 г. в «15» часов «30» минут на заседании диссертационного совета Д 501.001.20 при Московском государственном университете имени М.В. Ломоносова по адресу: 119991, ГСП-1,
Москва, Ленинские горы, Московский государственный университет им. М.В.
Ломоносова, д. 1 стр. 12, Биологический факультет, ауд. М-1.
Факс: 8(495)939-17-46; E-mail: irbeme@mail.ru
С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке биологического факультета
МГУ имени М.В. Ломоносова
Автореферат разослан « » октября 2010 г.
Ученый секретарь диссертационного совета, доктор биологических наук, профессор
И.Р. Бёме



1
ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ
Актуальность проблемы. Представители семейства углозубов (Hynobiidae) занимают обособленное положение среди прочих хвостатых земноводных. Углозубы обладают большим количеством примитивных черт организации и, вероятно, наиболее близки к общему предку
Caudata; среди рецентных форм они рассматриваются как прототип первых наземных позвоночных (Шмальгаузен, 1964). Вместе с Cryptobranchidae углозубов объединяют в подотряд
Cryptobranchoidea, включающий наиболее примитивных рецентных представителей хвостатых амфибий. Принято считать, что монофилия Hynobiidae не вызывает сомнений, однако ряд авторов на основании морфологических (Trueb, Cloutier, 1991; Boisvert, 2009) и молекулярных
(Wiens et al., 2005) данных считает возможной парафилию группы. Палеонтологическая летопись семейства Hynobiidae крайне бедна, достоверно углозубы известны начиная с миоцена-плиоцена
Казахстана и Европы (Averianov, Tjutkova, 1995; Venczel, 1999). Однако недавние находки криптобранхоидных амфибий из юры и раннего мела северного Китая демонстрируют значительное сходство с рецентными Hynobiidae (Wang, 2000; Zhang et al., 2006; Chen, Gao,
2009), что предполагает длительную историю эволюции семейства Hynobiidae и делает актуальной проблему происхождения и диверсификации этой группы.
Hynobiidae обладают уникальным для амфибий кариотипом, демонстрируя большие (2n колеблется от 40 до 78) асимметричные бимодальные хромосомные наборы (Morescalchi, 1973,
1975, 1979). Изучение размера генома также показало значительный разброс между отдельными представителями семейства, хотя углозубы в этом отношении исследованы недостаточно (Olmo,
1973; Litvinchuk et al., 2004). Весьма важно поэтому исследование эволюции карио- и цитогенетических признаков в семействе Hynobiidae.
В отличие от прочих групп Caudata, Hynobiidae встречаются почти исключительно на территории Азии. Для них характерны реликтовые разорванные ареалы, большая часть форм привязана к горным районам Восточной Азии. Группа может рассматриваться как модель для исследования исторической биогеографии Азии, а изучение филогении семейства поможет углубить понимание зоогеографии региона и влияние на эволюцию фауны кайнозойских орогенетических процессов и климатических изменений.
Сегодня в семействе Hynobiidae насчитывают около 50 видов, объединяемых в 8-10 родов, таким образом, это третье по видовому богатству семейство хвостатых (Frost, 2009). Результаты молекулярно-генетических и биохимических исследований последних десятилетий свидетельствуют о существенной недооценке разнообразия земноводных (Vieites et al., 2009).
Сложность морфологической диагностики углозубов заставляет предположить, что разнообразие
Hynobiidae также недооценено, однако вопросы систематики этой группы могут быть однозначно решены только с применением молекулярных или биохимических методов (Matsui, 1987; Matsui
et al., 2000, 2001, 2002, 2004). Интенсивность таксономических исследований семейства очевидна: с 1983 года было описано 22 новых вида, 7 родов и 1 подсемейство, а ранг 4 форм был поднят до видового (Fei, Ye, 2000; Song et al., 2001; Kim et al., 2003; Matsui et al., 2004; Shen et al.,
2004; Jiang et al., 2005, Zhou et al., 2006; Xu et al., 2007; Lai, Lue, 2008; Wei et al., 2009). Наконец, исследования различных видовых комплексов указывают на наличие неописанных видов
(Nishikawa et al., 2001, 2003, 2005, 2007; Fu et al., 2001; Matsui et al., 2006; Zeng et al., 2006;
Yoshikawa et al., 2008; Fu, Zeng, 2008). При этом единственная ревизия всего семейства
Hynobiidae была опубликована в начале ХХ века (Dunn, 1923), что делает комплексное исследование систематики и таксономии углозубых весьма актуальным.
Наиболее масштабная попытка реконструкции филогении углозубов по полным последовательностям митохондриальной ДНК представителей 8 родов Hynobiidae (Zhang et al.,
2006) привела к новой схеме, которая, однако, обладала плохо разрешённой топологией, основывалась на анализе небольшого числа таксонов и противоречила ряду полученных ранее гипотез (Weisrock et al., 1999; Larson et al., 2003). Последующие работы (Peng et al., 2010) также окончательно не разрешили филогенетические связи Hynobiidae. Данные же по ядерной филогении углозубых пока отсутствуют. Комплексному исследованию филогенетических связей, разнообразия и систематики Hynobiidae и посвящена эта работа.

2
Цель и задачи исследования. Основная цель работы состоит в комплексном изучении филогенетических связей представителей семейства Hynobiidae на различных таксономических уровнях и разработке адекватной классификации, отражающей эти связи. Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи:
1. Обобщить опубликованные и оригинальные данные о морфологической дифференциации
Hynobiidae на родовом уровне, сопоставить их с данными по другим рецентным семействам
Caudata и ряду ископаемых форм, провести филогенетический анализ по исследованным признакам.
2. Обобщить данные литературы о количестве и морфологии хромосом Hynobiidae; получить кариотипы ряда ранее неизученных видов; исследовать значения размера генома представителей основных филогенетических линий семейства.
3. Изучить филогенетические связи между представителями Hynobiidae по данным последовательностей мтДНК, максимально охватив разнообразие семейства.
4. Изучить филогенетические связи между представителями семейства Hynobiidae по данным последовательностей белок-кодирующих генов ядерного генома, сопоставить филогенетические гипотезы, полученные по данным мтДНК- и яДНК-маркеров.
5. На основе синтеза полученных результатов и литературных данных проанализировать эволюцию таксономически важных морфологических признаков, разработать систему семейства, отражающую результаты филогенетического анализа.
6. Изучить многообразие семейства Hynobiidae с помощью мтДНК-маркеров; исследовать внутривидовую дифференциацию надвидовых комплексов в родах Onychodactylus,
Salamandrella, Hynobius, Paradactylodon; оценить применение гена первой субъединицы цитохром с-оксидазы (COI) как маркера для ДНК-идентификации Hynobiidae.
7. Используя методы молекулярных датировок, оценить возможные времена дифференциации различных линий семейства по мтДНК- и яДНК-маркерам; разработать палеогеографический сценарий, описывающий эволюцию Hynobiidae.
Научная новизна. Впервые на основании обширного оригинального материала, охватывающего всех известных представителей семейства (10 родов, 75 таксонов предположительно видового ранга), изучены филогенетические связи и разнообразие Hynobiidae.
Исследование проводили на различных таксономических уровнях, причем как по мтДНК, так и по яДНК-маркерам. Установлены морфологические признаки, важные для диагностики видов и родов семейства Hynobiidae. Получены новые данные по хромосомным наборам и размеру генома 18 видов из 6 родов. Исследована филогеография ряда видовых комплексов. С помощью молекулярно-генетического анализа выявлено 19 предположительно новых для науки форм околовидового ранга, а также 12 группировок родового и надродового ранга. На основании молекулярных датировок кладогенетических событий в истории семейства выдвинута новая гипотеза о возможных путях эволюции и закономерностях дифференциации Hynobiidae.
Предложена новая система Hynobiidae, снабженная списками синонимов, таксономическими очерками и оригинальным определительным ключом по всем видам семейства. Оценена практическая применимость гена COI для молекулярной идентификации Caudata.
Теоретическое и практическое значение работы. Данные диссертации по филогении и систематике Hynobiidae могут быть полезны при проведении сравнительных исследований проблем видообразования у земноводных, исторической биогеографии и зоогеографии Азии, а также использоваться в вузовских курсах общей зоологии, зоологии позвоночных и герпетологии. Диагностические таблицы применимы при определении в полевых условиях, а также в зоологических коллекциях. Использование методов молекулярной ДНК-идентификации животных необходимо для адекватной оценки биологического разнообразия и разработки соответствующих природоохранных мер.
Наши данные позволяют пересмотреть природоохранный статус большинства видов Hynobiidae и могут использоваться в дальнейшем при инвентаризации и мониторинге разнообразия батрахофауны.
Апробация работы. Основные результаты исследований были представлены в виде докладов и стендовых презентаций на 7 международных и 3 российских конференциях: Х, XI и
XII Международных конференциях студентов и молодых ученых «Ломоносов-2003»,

3
«Ломоносов-2004», «Ломоносов-2005» (Москва, МГУ), II и III съездах Герпетологического общества им. А.М. Никольского при РАН (Санкт-Петербург, 2003; Пущино-на-Оке, 2006), 12-м
(Санкт-Петербург, 2003), 13-м (Бонн, ФРГ, 2005), 14-м (Порту, Португалия, 2007) и 15-м
(Кушадасы-Айдын, Турция, 2009) конгрессах Европейского герпетологического общества и на
Съезде герпетологов и террариумистов (Герпетологическое общество Германии) (Герсфельд,
ФРГ, 2005). Материалы диссертации докладывались и обсуждались на международных семинарах в Национальном музее естественной истории «Naturalis», Лейден, Нидерланды (2006,
2008), Свободном университете Брюсселя, Бельгия (2006), Биологическом институте г. Ченьду,
КНР (2006), Зоологическом институте г. Куньмин, КНР (2006, 2007), Университете г. Хиросаки,
Япония (2008), Музее зоологии позвоночных при Калифорнийском университете, Беркли, США
(2008), Институте биоразнообразия Онтарио, Гвелф, Канада (2008), Тайбэйском педагогическом университете, Тайбэй, Тайвань (2009). Работа апробировалась на семинарах лаборатории герпетологии и орнитологии ЗИН РАН (2010) и кафедры зоологии позвоночных биологического факультета МГУ (2009–2010).
Публикации. По материалам диссертации опубликовано 32 печатные работы, в том числе
7 статей, из которых 4 ― в журналах, рекомендованных ВАК.
Структура и объём диссертации. Диссертация состоит из разделов: «Введение», четырех глав: «Основные проблемы происхождения и систематики углозубов (Hynobiidae)», «Материалы и методы исследования», «Филогенетические связи представителей семейства Hynobiidae» и
«Систематика и пути эволюции семейства Hynobiidae», «Выводы», «Список литературы»
(включающий 1001 источник, из них 861 на иностранных языках) и семи «Приложений». Общий объем работы ― 650 страниц машинописного текста, из них ― 290 страниц ― сам текст работы, и 360 страниц «Приложений». Работа содержит 20 таблиц и 60 рисунков. Приложения содержат дополнительные результаты диссертации, 19 таблиц и 33 рисунка.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ

ВВЕДЕНИЕ
Во Введении обоснована актуальность темы, сформулированы основные цели и задачи настоящего исследования.

ГЛАВА__I._ОСНОВНЫЕ_ПРОБЛЕМЫ_ПРОИСХОЖДЕНИЯ_И_СИСТЕМАТИКИ_УГЛОЗУБОВ_(HYNOBIIDAE)'>ГЛАВА

I. ОСНОВНЫЕ ПРОБЛЕМЫ ПРОИСХОЖДЕНИЯ
И СИСТЕМАТИКИ УГЛОЗУБОВ (HYNOBIIDAE)
В главе приводится краткий обзор наиболее актуальных проблем филогенетики и систематики Hynobiidae. Полный обзор литературы по истории таксономических и филогенетических исследований семейства приводится в Приложении 1.
I.1. Наиболее актуальные проблемы систематики Hynobiidae на надродовом уровне –
уровне семейства. В разделе рассматриваются основные проблемы таксономической структуры семейства Hynobiidae, родовой систематики и филогенетических связей между основными группами углозубых.
I.2. Наиболее актуальные проблемы систематики Hynobiidae на видовом и
подвидовом уровнях. В разделе рассмотрены основные проблемы видовой и внутривидовой систематики углозубых и обозначены наименее изученные в таксономическом отношении роды и видовые комплексы.
ГЛАВА

II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
II.1. Материалы исследования. Исследование проводили с 2003 по 2009 год.
Экспедиционную работу и сбор материала осуществляли на территории России, Казахстана,
Ирана, Китая, Тайваня и Японии. Помимо этого были обработаны материалы герпетологических коллекций 16 зоологических музеев и университетов. Всего в ходе исследований морфологии изучено 2523 особи, в том числе количество туловищных позвонков у 650 особей. Было кариотипировано 35 особей 13 видов, а размер генома определен для 102 особей 19 видов. В молекулярном анализе помимо собственных сборов использовали материал, любезно предоставленный коллегами, и из музейных коллекций. В общей сложности в анализе

4 участвовало 1367 особей из 316 локалитетов, относимых к 75 филетическим линиям, представляющим все признаваемые сегодня виды Hynobiidae за исключением H. turkestanicus.
II.2. Методы исследования. Кладистический анализ морфологических признаков проводили с целью (а) уточнения филогенетических связей между современными родами
Hynobiidae и (b) уточнения положения Hynobiidae относительно остальных рецентных семейств и ряда вымерших групп хвостатых амфибий. Для решения последней задачи за основу была взята таксон-признаковая матрица из 281 морфологическиого признака (Wiens et al., 2005), которая была дополнена состояниями признаков для 13 таксонов Hynobiidae, представляющих все роды семейства. В матрицу был включен 151 анатомический и кариологический признак (Dunn, 1923;
Duellman, Trueb, 1986; Zhao et al., 1988; Adler, Zhao, 1990; Trueb, Cloutier, 1991; Fei et al., 2006;
Sessions, 2008 и др.), а также 57 оригинальных признаков внешней морфологии и 43 признака, описывающих особенности размножения и развития углозубых. Последний массив данных использовали для выявления филогенетических связей между родами Hynobiidae. В общей сложности в анализе участвовало 532 признака. При описании признаков внешней морфологии были отобраны 26 наиболее информативных признаков (из них 10 метрических признаков тела,
13 метрических признаков головы и 3 меристических признака), широко применяемых в систематике и видовой диагностике хвостатых амфибий (Good, Wake, 1992; Wilson, Larson, 1999;
Nishikawa et al., 2007). Подсчет числа костальных бороздок проводили по Y. Misawa (1989), а туловищных позвонков ― с помощью рентгенограмм (540 экземпляров) или при вскрытии (110 экземпляров, по: Litvinchuk, Borkin, 2003). Также описывали 23 качественных признака окраски, их состояния кодировали (по: Tominaga et al., 2005, с изменениями).
Сбор и хранение материалов для молекулярного и цитогенетического анализа проводили по стандартным методикам. Размер генома (количество ядерной ДНК в диплоидном ядре) измеряли при помощи проточной цитофотометрии на базе лаборатории цитогенетики человека и животных ИХБФМ СО РАН и KIZ CAS, данные обрабатывали по стандартным методикам
(Виноградов и др., 1990; Murphy et al., 1997; Litvinchuk et al., 2004). В качестве реперного стандарта использовали периферические клетки крови одних и тех же особей Pleurodeles waltl,
Triturus karelinii (Salamandridae) и Rana temporaria (Ranidae). Анализ числа и морфологии хромосом проводили в сотрудничестве с лабораторией проф. М. Куро-о на базе Университета
Хиросаки, Япония, по стандартным методикам (Kezer, Sessions, 1979, с изменениями).
Молекулярно-генетический анализ осуществляли на базе нескольких лабораторий, в том числе кабинета молекулярных методов каф. зоологии позвоночных биологического ф-та МГУ, кабинета молекулярной диагностики ИПЭЭ РАН, лаборатории Музея зоологии позвоночных
Калифорнийского университета (MVZ, UC, Berkeley) и Канадского центра ДНК-
Штрихкодирования (CCDB, BIO, Guelph). Выделение ДНК проводили четырьмя различными методиками (Sambrok et al., 1989; Bruford et al. 1992; Ivanova et al., 2006), затем концентрацию
ДНК выравнивали до 100 ng/μL на спектрофотометре NanoDrop.
При разработке праймеров, филогенетическом анализе полученных последовательностей мтДНК, а также в качестве внешних групп использовали ранее опубликованные полные последовательности мтДНК хвостатых амфибий: 23 мтДНК-генома для Hynobiidae (Zhang et al.,
2006; Peng et al., 2010), а также 16 мтДНК-геномов представителей других семейств Caudata. При филогенетических реконструкциях на уровне семейства в качестве мтДНК-маркеров применяли только белок-кодирующие гены H-цепи, исключая некодирующие участки и гены тРНК и рРНК
(общая длина 16750 п.о., окончательное выравнивание 10937 п.о.). При филогеографических реконструкциях и исследованиях на уровне родовой филогении исследовали фрагменты гена цитохрома b (cyt b; 818-1152 п.о.), 12S рРНК, (12S rRNA; 267-1138 п.о.), 16S рРНК (16S rRNA;
538-1085 п.о.), первой субъединицы цитохром с-оксидазы (COI; 655 п.о.), первой и второй субъединиц гена NADH-дегидрогеназы (ND1, ND2; 1467 п.о.). Для амплификации фрагментов мтДНК всего использовали комбинации из 53 праймеров, из которых 5 ― оригинальные. В качестве яДНК-маркеров исследовали высококонсервативные однокопийные ядерные белок- кодирующие гены: первая субъединица гена активации рекомбинации (RAG1; 1460 п.о.), ген нейротропного фактора мозга (BDNF; 715 п.о.) и ген проопиомеланокортина (POMC; 540 п.о.).
Для их амплификации применяли комбинации из 16 праймеров, из которых 8 ― оригинальные.

5
ПЦР, визуализацию и очистку ампликонов и определение первичных нуклеотидных последовательностей (секвенирование) проводили по стандартным методикам (Hillis et al., 1996).
В общей сложности для реконструкции филогении семейства Hynobiidae автором было получено
413 последовательностей, и 256 были заимствованы из генбанка NCBI, из которых 151 уникальных. Для исследований филогении внутриродового уровня было получено 1883 последовательности, и 616 последовательностей было получено из генбанка или предоставлено коллегами. Ранее ядерная филогения углозубых не изучалась, поэтому все полученные 137 последовательностей являются оригинальными.
II.3. Анализ исследованных признаков. Кладистический анализ морфологических данных проводили с использованием программ PAUP v.4.0b10; MrBayes v.3.0b3 и WinClada v.1.0.
Филогенетический анализ осуществляли по всему массиву признаков и таксонов для выявления положения углозубов среди прочих Caudata, а также отдельно по признакам, применяемым в систематике Hynobiidae. В первом случае в качестве внешней группы использовали Karaurus
sharovi (Karauridae), а во втором ― сестринское углозубам семейство Cryptobranchidae.
Большинство сравниваемых признаков были бинарными, кроме 99, которые ордировались. Для минимизации влияния педоморфных изменений на филогенетические гипотезы было выделено
72 потенциально педоморфных признака; анализ проводили как с включением их в анализ, так и без них. Для формирования адекватной полярности исследуемых признаков, исходя из известных филогенетических связей между рецентными группами хвостатых амфибий (Larson et al., 2003;
Wiens et al., 2005; Zhang, Wake, 2009), на результирующие филогенетические гипотезы накладывали топологические ограничения. Реконструкция кладограмм выполнена методом максимальной экономии (MP) и байесовским методом (UBA). Статистическую обработку морфометрических данных проводили в программах Microsoft Excel и StatSoft Statistica v.6.0. Для минимизации фактора размера животного абсолютные значения признаков нормировали к длине туловища. С помощью стандартных параметрических тестов оценивали сопряженность признаков, выраженность полового диморфизма и достоверность различий по морфометрическим признакам. Скоррелированные признаки исключали из дальнейшего анализа.
Для выявления дифференциации между популяциями использовали канонический детерминантный анализ (CDA) и многогрупповой анализ главных компонент (MGPCA).
Для обработки молекулярных данных применяли 18 различных пакетов программ. После первичного анализа и выравнивания последовательностей (Chromas 1.45; BioEdit 7.0.5.2; Clustal
X 1.8 и др.) проводили анализ положения стоп-кодонов и делеций. Последовательности яДНК также анализировали на возможность наличия гетерозигот, однако из 157000 исследованных было выявлено лишь 19 сайтов, потенциально гетерозиготных по двум основаниям.
Дополнительно проводили оценку различий нуклеотидного состава как мтДНК, так и яДНК- маркеров; несмотря на достоверные различия, они не оказывают решающего влияния на филогению. Производили оценку насыщения фрагментов мтДНК и яДНК (DAMBE v.4.2.13). В мтДНК трансверсии по третьей кодон-позиции вносят наибольший вклад в снижение уровня филогенетического разрешения (Mueller et al., 2004), что учитывали при реконструкции филогении на уровне семейства и при выборе оптимальной модели эволюции. По маркерам яДНК существенных следов насыщения не выявлено ни по одной из кодон-позиций.
Статистический анализ согласованности филогенетического сигнала между мтДНК и яДНК не позволил провести совместный анализ данных мтДНК и яДНК. Выбор адекватной модели эволюции ДНК, расчет генетических дистанций и построение филогении проводили независимо для прямых нуклеотидных и транслированных аминокислотных последовательностей ДНК в программах Modeltest v.3.06; MrModeltest v.2.2; PAUP v.4.0b10; MEGA 4.1 и Treefinder. МтДНК- геном был разбит на 42 партиции, для каждой из которых выбор оптимальной модели проводили независимо. Для нуклеотидных последовательностей мтДНК применяли модели GTR+Г
4
и
GTR2+Г
4
. Для аминокислотных последовательностей мтДНК использовали модель mtREV+Г
4
Последовательности 3 ядерных генов были разбиты на партиции по кодон-позициям и генам, для каждой из них были рассчитаны оптимальные модели и параметры, в конечном итоге в анализе участвовали 8 партиций. Топологию дендрограмм вычисляли тремя алгоритмами: дистанционным методом (ближайшего соседа, NJ), кладистическими методами (максимальной

6 экономии, MP; максимального правдоподобия, ML) и с помощью байесовского анализа
(байесовский анализ по партициям, PBA). Устойчивость узлов дендрограмм оценивали по значениям бутстрэп-поддержек (BS) и апостериорных вероятностей (PP). Проводили оценку стабильности скоростей эволюции мтДНК и ядерных генов и относительных скоростей в различных линиях Caudata (с помощью BRRT, в программе Cadence v.1.08). Для оценки предположительного времени кладогенетических событий в эволюции Hynobiidae применяли анализ «молекулярных часов». Мы использовали 2 калибровки максимального возраста кладогенетических событий (дивергенция Batrachia и дивергенция Urodela; по Marjanović, Laurin,
2007) и 7 калибровок минимального возраста по находкам ископаемых форм земноводных (из которых 3 относятся к дифференциации Cryptobranchoidea, 3 охватывают дифференциацию
Salamandroidea, а 1 отражает дивергенцию между Anura и Caudata). Время дивергенции оценивали по множественному байесовскому алгоритму калибровки в пакете программ
MULTIDIVTIME v.03, с использованием свободных молекулярных часов (relaxed clock).
Биогеографический анализ проводили в программе Lagrange 1.0, предоставляющей оценки максимального правдоподобия для альтернативных биогеографических сценариев. По данным работ по палеогеографии Азии (конец мезозоя ― кайнозой) были сконструированы схемы, описывающие изменения географии Азиатского континента с середины мела до голоцена; на их основе разработан оригинальный сценарий эволюции Hynobiidae. Филогеографический анализ, расчет демографических и популяционно-генетических параметров и построение медианных сетей гаплотипов проводили в пакетах программ Arlequin v.3.1 и Network 4.111.


Поделитесь с Вашими друзьями:
  1   2   3   4


База данных защищена авторским правом ©nethash.ru 2017
обратиться к администрации

войти | регистрация
    Главная страница


загрузить материал